08. NMR（核酸塩基対のイミノプロトン）

1. NMRの概要・原理

1-1. 解説動画 20200521 大杉

1-2. NMRの基本的な原理など(20200521ゼミ資料修正追記版)

https://drive.google.com/file/d/1UFvbBHsTtnTLFX18zRwdPKtiiSoz9Av2/view?usp=sharing

2. 測定・解析の流れ

2-1. サンプル調製

DNA の購入： IDT のほうがsigmaより安い（NMR のサンプルは 200 μM が 700-800 μL 必要）・速い。

NMR buffer について
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja026121b

大杉の場合は 2x PBS containing 100mM KCl 400 μM + 500 μM Oligo aq 320 μM + D2O 80 μM

最終DNA濃度　200 μM insolution containing 1x PBS （pH 7.4), 50 mM KCl, and 10% D2O　

2-2. 測定日時の予約 (登録者に追加後)

16号館B17のAVANCE III 500USPlus

http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/KomabaNMR/reservation/yoyaku.cgi

ID: NMR　Pass: topspin　　１人最大1hまでしか予約できないルール。(overnight は例外)

2-3. 測定

(マニュアルは後日アップロードします)

DNAのイミノプロトンを検出する場合は水消しパルスzggpwgを選択。積算回数100回で測定時間は約７分。

水消しパルスについては以下を参照。WATERGATE 実験の設定法：1-12 ～1-14 。

https://drive.google.com/file/d/1Iz89yjaGVCGJVFhhVLLLn4tnWGReRgrk/view?usp=sharing

2-4. データの抽出

FTPソフトが必要。要事前ダウンロード。WindowsならFFFTP、macなら cyber duck。

2-5. 解析

2-5-1. 解析ソフト

BruckerのTOPSPINという解析ソフトのアカデミック版は、無料でダウンロードできる。

https://www.bruker.com/products/mr/nmr/software/topspin.html?gclid=EAIaIQobChMIwf2mqZXh5QIVT6mWCh2yOQX_EAAYASAAEgJ3aPD_BwE

Ramoという解析ソフトを218のnanodropにインストールした。

2-5-2. 解析方法

D2Oのピークを基準に補正。

各種溶媒のプロトンピークが載っている論文

Fulmer, G. R. et al.NMR chemical shifts of trace impurities: Common laboratory solvents, organics, and gases in deuterated solvents relevant to the organometallic chemist. Organometallics 29, 2176–2179 (2010).